Molecular Tumor Board (MTB)

Nu kan du se detta webbinarie i efterhand: Molecular Tumor Board (MTB)

Webbinariet fokuserar på användningen av molekylära tumörpaneler i onkologi, särskilt inom ramen för Molecular Tumor Boards (MTB) vid Karolinska Institutet. De diskuterar hur man integrerar omfattande molekylär profilering, såsom DNA-analyser, för att skräddarsy cancerbehandlingar baserade på individuella tumöregenskaper. Nyckelpunkter inkluderar fördelarna med precision i onkologi, den komplexa naturen av att tolka omfattande genetiska data, och den framväxande rollen för artificiell intelligens i diagnostiken. Det diskuteras också hur denna teknik kan spridas mer jämlikt inom svensk sjukvård och utmaningar som uppstår i samband med att standardisera sådana komplexa processer på nationell nivå. Webbinariet avslutas med en diskussion om framtida riktningar och möjligheter för att ytterligare integrera dessa tekniker i klinisk praxis.

(denna sammanfattning är AI-genererad och inte korrekturläst, scrolla ner för en fullständig utskrift av webbinariet)

Moderator: Renske Altena, överläkare i onkologi och internmedicin, docent Karolinska Institutet

Föreläsare: Hannes Olauson, läkare, patolog och njurforskare vid Karolinska Institutet och Karolinska Universitetssjukhuset

Maximilian Kordes, specialistläkare i onkologi, Karolinska Comprehensive Cancer Center

Fullständig utskrift:

[00:00:00] Renske Altena: Ja, hej och välkomna ni alla till dagens webbinarium som vi organiserar med hjälp av Mediahuset utifrån Svensk Onkologiskt Förening. Vi hade ett webbinarium om Molecular Tumor Boards för några år sedan när vi började med våra webbinarier. Den var så uppskattad och hade väldigt många... Som tittade i efterhand också via hemsidan tror jag att den fortfarande går att se på Medifence.

[00:00:37] Därför tänkte jag att det är väldigt bra och värdefullt att gå igenom samma ämne en gång till. För det har förändrats en del. Vi alla vet att det är relevant och viktigt med Molecular Tumor Boards. Men samtidigt är det fortfarande inte alls implementerat Jag har bett två kollegor på Karolinska sjukhuset att dela med sig sina erfarenheter och sitt arbete med NTB på Karolinska.

[00:01:14] Det är onkologen Maximilian Cordes och patologen Hannes Olauson. Ni samarbetar också tillsammans på NTB på Karolinska sjukhuset. Ni kommer att dela med er erfarenhet, inblick och bakgrundskunskap kring molekylerpatologisk profilering och hur man kan använda det som ett precisionsmedicinskt verktyg som du så fint skrev i din titel Max.

[00:01:46] Vi börjar med dig. Du är onkolog och jag är väldigt glad att du har berättat och delat med oss din kunskap. Varsågod, Max. Tack igen. Tack. Jag märks dig där.

[00:01:59] Maximilian Kordes: Ja, hej allihopa och tack Renske för introduktionen. Maximil Kades heter jag och är onkolog på fas 1-enheten på Karolinska i Stockholm. Och utifrån fas 1-enheten organiserar vi en av de molekyl-tumorbrott som vi har som riktar sig i första hand till solida tumörer.

[00:02:19] Det finns ett separat MTB för barnonkologerna och sen har hematologerna också brott som diskuterar molekyl profilering. Och tanken är att jag kommer berätta lite grann om våra erfarenheter men också ge lite övergripande Idé om hur vi jobbar med precisionsonkologi och bakgrunden till det också. Och mot slutet av presentationen försöker jag gjuta lite i olika fall som man kan titta på.

[00:02:45] Och sen kommer Hannes säkert kunna upplysa senare om tekniska detaljerna i det. Tvärd av metod kan ju ibland påverka ganska mycket hur mycket man egentligen kan säga om de prover och patienter som man undersöker. Men om man tar det väldigt mer övergripande så är ju ett molekylokrytmobort ett verktyg som Renske sa.

[00:03:11] Det är egentligen ett team och det är inte bara vi onkologer som har en del i det men det är viktigt att ha andra experter också. Det är genetiker, patologer det kan bli fråga om bilddiagnostik och sen en del personer som Man kanske inte kommer så mycket i kontakt med kliniken. Vi har experter inom bioinformatik som kallas för computational oncology.

[00:03:32] Oftast också grundforskare inbjudna till vår MTB och för att kunna ha den öppenheten så identifierar vi patientinformationen i det. Man pratar om molekylär information men det framgår inte på samma sätt som på en MDK vilka patienter det är. Vi har en väldigt utbildningssyfte i det här så idén är inte att man ska gå igenom 20 fall på 45 minuter eller liknande men att vi oftast diskuterar 2-3 fall på fredag morgon varannan vecka.

[00:04:02] Det är alltid avancerad molekylär diagnostik och mycket genomik, alltså DNA-analyser som man använder Det alltid avancerad molekylär diagnostik och genomik, DNA-analyser som Behandling och ge behandlingsrekommendationer. Det här kan ni alla egentligen men det är bra att upprepa bara. Vi har ju ungefär 20 000 gener i varje cell av vår kropp dubbla uppsättningen vår mamma en av vår pappa.

[00:04:30] Och det är ungefär 400 av dem som vi är närmare intresserade. Så om det uppstår fel i de gener antingen proto-onkogener eller tumörsuppressogener så kan det leda till en aberrant genprodukt på proteinnivå antingen genom att man sätter fat på en cell genom att en onkogen är överaktiv eller en tumörsuppressor som faller bort och då inte riktigt uppfyller sin funktion längre.

[00:04:54] Det är det som man tittar på i sekvensieringsresultaten. Och frågan är hur använder man precisionsonkologi i kliniken? Egentligen är det här inte så Det annorlunda från det som vi brukar göra. Vi försöker stratifiera patienter. Det pratas mycket om personalisering men det som vi gör idag handlar om att man försöker hitta smalare och smalare subgrupper av patienter.

[00:05:20] Så man går från att man har en topografisk klassifikation av en tumör, till exempel bröstcancer, till att man har mer vävnadsbaserad diagnostik till att man har en molekylär klassificering. Och det som vi alla varnar med är ju på proteinnivå till exempel, är jag positiv, är jag två övertryckande eller är jag två negativ.

[00:05:40] Så det som prestationsonkologi tillför är egentligen fler och bättre stratifieringskriterier för behandling. Arbetsflödet ser ut så här. Vi har patienter Man behöver Som regel en biopsi för att kunna göra de här analyserna. Det finns ju metoder på vävnad också som så kallad liquid biopsy på blod. Det gör vi en del.

[00:06:00] Men oavsett så behöver man utgångsmaterial från tumören Man genomför sekvensering där Hannes och kollegorna kommer in. Och efter att man bearbetat en rådata som kommer ut bioinformatiskt så sammanställs det i en rapport. Och det är det som egentligen kommer tillbaka till onkologen. Och det kan man göra inhouse.

[00:06:21] Alltså man ska skicka till sina patologer De får satsera det på sina maskiner och skriva rapporten själv. Eller så finns det ju också utanstående aktörer som levererar den typen av rapport. Det är inte helt ovanligt att patienter kommer till oss på facit-enheterna och har med sig en sekvenseringsrapport.

[00:06:39] Från någon form av fristående aktör som de har. Har tillgång till på något sätt. Det här ska man nu använda för att certifiera sina patienter tillämpa det. Och i många fall kan det redan idag användas för standardbehandlingar. Men om det inte är så helt tydligt så behövs det oftast mer expertis Och det är där MTB egentligen kommer in i slutet av det prestationsonkologiska arbetsflödet.

[00:07:02] Och då med ökad kunskap kunna ge en rekommendation. Och antingen kan man matcha till en experimentell och mer komplex behandling Helst inom ramen för en klinisk studie. Men man kan även ge andra behandlingsrekommendationer som är informerat genom den information som man har fått. Eller så kan man inte matcha patienten till en behandling.

[00:07:25] Och det är egentligen den här rekommendationen som är liksom. Och tjänstycket av MTB. Rapporten kan se lite olika ut. Jag har tagit med den interna rapporten som såg ut fram till somras på Kalinska på vänster sidan Med vår inhouse-panel. Och sen på höger sidan är ett exempel från kommersiell leverantör som man ser lite då och då i praktiken.

[00:07:50] Om man tittar lite närmare på den så har man oftast i övre delen information om patienten. Sen kommer lite mer övergripande allmän information. Tumor-mutational burden, drömnär-mutationer den typen information. Och sen har man information som är lite mer specifik kring vilka typer av förändringar man har sett i tumörmaterialet.

[00:08:09] Vi kommer tillbaka till det lite senare och tittar lite närmare på det. Hur ska man då tolka en sån rapport om man försöker bryta ner det så tycker jag att det är oftast tre steg som man ska fråga sig så det första som man ska titta på är, ja men den varianten som beskrivs i rapporten, är den här patogen, det vill säga, är det någonting som faktiskt kan driva en tumör i vissa fall är det självklart korasmutationer som vi känner igen till exempel men vissa saker kan vara mycket mer svårhanterba där man verkligen behöver förstå vad gör den här varianten kan den på ett rimligt sätt Leda till att den här tumören beter sig som en cancercell.

[00:08:53] Den nästa frågan är, är det här relevant? Ibland kan det vara så att man ser en förändring och ser en annan förändring och man vet inte hur riktigt de står till varandra. Det kan då till och med vara så att den ena varianten är mycket mer vanligt och förekommer kanske i alla cancerceller medan det andra tyder på att den andra varianten kanske bara förekommer i en bråkdel av dem.

[00:09:13] Hur förhåller det sig till varandra? Är det biologiskt rimligt att det ena är en viktig funktion medan det andra också är en viktig funktion? Och det är också någonting som man kan värdera i ett MTB. Och det sista då är det som onkolog är alltid det som är intressant är det här som kallas på engelska för actionable.

[00:09:30] Så om jag tror att det här patogens, det driver min tumör och jag tror också att det är relevant i den här tumören kan jag anpassa min behandling på något sätt genom att göra någonting för patienten. Sätter man kryss eller bockar man av på alla de här tre frågor och säger ja, ja och ja då finns det olika sätt hur man kan komma till precisionsonkologisk behandling.

[00:09:56] Det enklaste är att man har en indikation så att det finns ett godkänt läkemedel som är tillgängligt i Sverige för behandling. Då kan man börja behandla sina patienter med det. Det som vi jobbar mycket med är att försöka matcha patienter till studier. Jag skulle säga ungefär hälften av våra tidiga kliniska studier har någon form av molekylär kriterie där det krävs att tumören måste ha en viss egenskap för att vi kunna matcha patienten till studien.

[00:10:20] Det tredje är att man möjligtvis får en idé kring att man vill använda ett godkänt läkemedel men en indikation som inte är riktigt godkänt egentligen. Allt från dyra målriktade läkemedel, men i vissa fall kan det också vara så att man använder relativt prisvärda beprövade läkemedel som vissa typer av cytostatika i ett kontext där man annars inte hade tänkt på det.

[00:10:42] Det typiska exempel är till exempel platina i vissa GI-indikationer som jag har sett relativt mycket.

[00:10:54] Hur värderar man den typen av rekommendation? Så... Om man går tillbaka, när det indikation så är det relativt klart så oftast behöver man inget MTB i den situationen. Men den kommer in i bilden när evidensen egentligen är lite mer oklar. Så det är egentligen en diskussionsforum för ett komplexa fall.

[00:11:12] Vi använder det som utbildningstillfälle så alla som är verksamma inom tema cancer på Karolinska och andra som är intresserade är inbjudna att koppla upp sig på vår teamslängd. Och sen finns det sådana strukturerade frameworks som ESMO har publicerat, till exempel den här ESCAT-skalan som är det som vi använder.

[00:11:31] Och då försöker man inom MTB titta på, för vissa antaganden kring behandlingsmöjligheter, hur bra är egentligen evidensen för att backa upp det som vi vill göra? Och sen kan man ge olika grader av evidens. Tire 1 är typiskt det att man har en randomiserad studie eller att man har en stor icke-randomiserad studie Som är designad för att testa den här kombinationen av makör och behandling.

[00:11:58] Och sen blir det successivt mindre tills man är ner på modellnivåer eller modelleringar i TAIA-4.

[00:12:08] Vem finns det på plats? Hos oss ser det ut så här. Det är en fredagmorgon så vi har en fas 1-onkolog. Vi har en onkolog som har använt en fall till MTB som är diagnoskompetens. Vi har en lungläkare från Lungonkologiskt centrum som presterar i en annan fall den dagen. Så computational biologists är på plats.

[00:12:30] Sen hade vi totalt över 20 deltagare uppkopplade på länk. Det var klinisk genetik, patolog, hematolog, onkologer med andra diagnoskompetenser som var med under det mötet. Det är ganska typiskt hur det brukar se ut. Jag hade sagt att jag skulle komma tillbaka lite till hur man ska titta på precisionsmedicinsk diagnostik i olika fall och hur det ser ut på rapporter.

[00:12:56] Så jag har tagit med två exempel. Jag vet inte hur bra det är att se det. På min skärm ser det lite liten ut men ni får lita på mig. Så det här första fallet är ett exempel från ett kolangiokasinom. Vi har förändrat dem lite grann så de är lite ihopplockade och inte representerar riktiga patienter men jag tror det ger en bra intryck på hur det kan se ut.

[00:13:20] Här har man bara hittat en IDH1-mutation. Den är klonal, det betyder att den förekommer i de flesta cancercellerna. Och sen har den här proteinvarianten här är 132G så att Aminosyren i position 132 är ersatt och det är en känd driver-motation i IDH1-moterat kolangiokalcinoa. Så i det fallet var det enkelt.

[00:13:45] Vi kunde matcha den här patienten i en pågående fast tre studier när man behandlar patienter med ibucidinib som är ett IDH1-riktat läkemedel. Det här andra fallet som ni ser på höger sidan, det är lite mer komplext. Det är många olika varianter som beskrivs här. Här nere har vi det som kallas för en copy number alteration så att genet är kopierat och jag kopierade upp det för er så att ni kan se det lite bättre.

[00:14:10] En tvättlapp och när jag tittar på den så kan inte direkt säga vad man ska göra med en sån patient så då behöver man sätta sig ner och börja fundera. Vad ska man göra? Det som sticker lite grann ut är den här Mepkines-motorationen, RB1, TP53, det vanligaste moterade gen som vi brukar se. Så hur försöker man ta tag i det här?

[00:14:36] Och då ska man egentligen kunna ha vetenskapliga underlag till det, men vi handskas ju med en kunskapsinflation. Så när man bara skriver in cancer på PubMed så ser man den här exponentiella ökningen. Jag har gjort det här början på året så stapeln har inte riktigt gått upp. Det är säkert med en fem miljoner resultat men den söker bara i några bråkdelar för en sekund så vi får inte fram ens allting.

[00:15:02] Så hur använder man egentligen det biomedicinska kunskapet på ett mer strukturerat sätt? Gör man det manuellt Vill söka så finns det det som kallas för kunskapsbaser och det som många använder som jag personligen tycker är en väldigt bra möjlighet är OncoKB. Det här drivs av Memorial Sloan Catering i New York och de har designat en databas där de har annoterat gener, olika varianter eller alterations i de här generna för diverse cancertyper och sen också beskrivit evidensen för en hel del.

[00:15:37] Läkemedel som är underliggande. Det är inte helt täckande men särskilt i höga evidensgrad så är det väldigt, väldigt bra. Och de har gjort det på ett strukturerat sätt. Så de använder inte ESCAT, de har sitt eget graderingssystem som är anpassat för amerikanska förhållanden. Men det är där vi brukar titta.

[00:15:55] Och skriver man till exempel in den här IDO1-mutation som jag nämnde tidigare så dyker det upp IDO1 är 132G. Det är known to be oncogenic. Så, is it oncogenic? Första frågan ja. Och så klickar man på det för fler detaljerna. Gör man det? Då beskriver den här vad den gör, hur det fungerar. Så ja, det är relevant.

[00:16:17] Det är inget annat i den här tumören heller som talar för att den skulle driva den. Och sen är frågan is it actionable? Och då beskriver den här olika läkemedel och sen vilken evidensgrad den har liksom. Lagt på det här och vill man veta vilken publikation som ligger bakom det så klickar man på den här boken så hoppar man ut till det det förenklar arbetet otroligt mycket det finns andra kunskapsbaser de har alla sina specifika funktioner det är som en liten axplock av de saker som vi använder mycket C-Biopat är uppe det är lite mer bioinformatiskt inriktat då kan man titta hur vanligt vissa varianter är ja, och en cocainebi till exempel den är mycket mer inriktad mot kliniska behandlingsmöjligheter man kan gå ett steg längre och Det som tagits fram av gruppen kring Davit Ambrero på Karolinska är det som heter MTBP, Molecular Tumor Board Portal.

[00:17:13] Och lite förenklat sagt är det här ett program som aggregerar olika typer av kunskapsbaser och gör det systematiskt. Så istället för att ta hela tvättlappen som jag visade tidigare så kan man mata in den med en gång i ett sökfält. Och då annotera den och gå in i databasen plocka den här typen av information och lägga ihop den.

[00:17:40] Och så kan man klicka sig genom den, mutation för mutation och ta fram information och jämföra det. Det är ett framtaget för att kunna användas i Molecular Tumor Boards också. Så man kan plocka upp det på skärm och så kan man väldigt lätt ta all information till hands för diskussionen. Vi håller på att implementera det, vi kanske underutnyttjat det i startup och Molecular Tumor Men...

[00:18:03] Vi tror i och med att vi kommer att diskutera fler fall att det här är något som är väldigt praktiskt och i Cancer Core Europe's Molecular Tumor Board som Karlin ska också delta i tillsammans med sex andra centra i Europa då är det här standard som vi använder för att diskutera fall.

[00:18:26] Och det illustrerar lite mer hur funktionaliteten ser ut i den en gång till så det är den här MAP kinase-mutationen och så listar den information som ligger bakom det.

[00:18:42] Så om man försöker sammanfatta det här lite grann så varje funktion av MTB som sagt det ena är att expertis behövs för att evidensen är oklar. Ja, eventuellt behöver man ha ytterligare information, så en sak som lyfts fram där är att man skulle till exempel vilja veta hur vanligt och hur många tumörceller drabbas av det, så kan man försöka gå tillbaka till data och titta på det.

[00:19:07] Och sen kan man försöka värdera den evidensen som finns. Det fanns lite lovande data för användning av märkhemmar i den här situationen. Hos oss finns det ett form för individuell läxande ärende där man skulle kunna diskutera det här. Vi tyckte i den här konkreta fallen att evidensen hade sannolikt varit relativt låg.

[00:19:26] Sannolikt ingenting där man hade tillstrykt att ge behandling utanför en godkänd indikation. Och för just den här patienten som det här är modellerat på så fortsatte vi med att screena patienten för en studie som inte krävde någon form av molekylär markör, en immunterapi-baserad studie. Ja, men det är ett individuellt fall.

[00:19:49] Det är lite oklart men hur stort hade nyttan varit? Och folk har förstås försökt titta på det lite mer systematiskt. Vi har inte utvärderat det för våra dator, för våra patienter. Förhoppningsvis kan vi redovisa lite mer av det under det kommande året. Men en sak som fått mycket uppmärksamhet nu på Esmo är till exempel det italienska Den här studien kallas för Rome Trial även om det har varit multicenter-studie i Italien och de har haft förbehandlade patienter med olika typer av solida tumörer väldigt typiskt för många molekyl-tumor och de hade ett program som heter CGP alltså de har sekvenserat sina patienter och så småningom har de randomiserat 400 av dem till att få en behandling som är baserad på molekylära rekommendationer från MTB eller att få behandling enligt Physicians Choice och just i den här studien så kunde man för första gången ordentligt visa egentligen en överlevnadsfördel det är många som har redovisat icke-randomiserade data men om man tittar på skillnaden, den är De absoluta siffrorna är inte jättebra och väldigt typiskt för den här sättingen i onkologi.

[00:21:10] Men det som man ser är att det är längre progressionsfri överlevnad och särskilt efter att de här kurvorna går över midjärnen så börjar de dela sig. Så de har selekterat ut några patienter här som sannolikt har haft en form av klinisk nytta och det återspeglas också i att de har sett en högre 9-månadsöverlevnadsrat men framförallt också 12-månadsöverlevnadsrat från 7,7 till över 22 procent.

[00:21:39] Så det är intressant och det visar att konceptuellt att man kan vinna genom molekylaturmålbart. Det som man behöver lägga till är också att de har haft ett system där de kunde få tillgång till behandling Inför patienten med städerindikation i Italien och där kan förutsättningarna se olika ut. Och hos oss är det så att MTB i sig inte är nödvändigtvis kopplat till att man faktiskt kan använda behandlingar oavsett hur stark evidensen för användningen är.

[00:22:07] Det är en oberoende process och det är viktigt att lyfta fram. Och för att försöka få lite mer bukt med det här och rulla ut det här bredare så tycker jag att det initiativet i Sverige som är viktigt att känna till och är fokus som drivs av Göteborg med Edvard Abel som PIA är för studien, den integrerar också molekyl-tumorbart.

[00:22:29] Det står i mitten av det här slajt. Det är tänkt som en nationell tumorbart för en basketstudie med olika behandlingsarmar. Så genom det tror jag att det kommer bli mycket mer tillgängligt och bredare att MTB kan spela roll, i alla fall för patienter som kan vara aktuella för fokus. Jag går inte i detaljerna av fokus för det är nästan en extra frågeställning men jag hoppas att det här var ett bra intryck av hur processionsonkologi kan fungera och hur vi gör med vår molekyl och tumorvård.

[00:23:05] Tack så mycket!

[00:23:09] Renske Altena: Stort tack till dig Max för en väldigt bra översikt som tror jag ger väldigt praktiska verktyg till många som tror jag sitter och lyssnar. Och jag sa inte i början men ni alla som tittar kan ju ställa frågor via Q&A längst ner i skärmen och det hoppas jag ni gör om ni undrar över något så att vi kan diskutera det efter Hannes föreläsning.

[00:23:38] För du fortsätter nu Hannes och du är patolog på Karolinska sjukhuset och... Det är nog väldigt bra för oss att också höra ditt perspektiv och förstå lite mer av just den sidan. För det är säkert inkognita för många onkologer fortfarande. Så jag är väldigt glad att du också ville vara med och dela med dig av din kunskap och expertis.

[00:24:07] Hannes Olauson: Ja, tack så mycket för inbjudan och jag ska se om jag kan presentera mig. Jag tänkte då ge ett mera patologperspektiv både på Molecular Tumor and Borders men kanske också i ett bredare perspektiv själva införandet av precisionsmedicin i större skala och hur vi från patologen ser på På det här införandet, vilka potentiella fallgropar det finns och hur vi tänker kring de här frågorna när det gäller metodologiska val.

[00:24:42] Så jag jobbar alltså som patolog på Karolinska och har varit involverad i införandet av nya prestationsmedicinska metoder sedan ungefär två år tillbaka. Mycket av det som jag pratar om nu kommer att ha ett karolinska perspektiv för det är det jag känner till. Men vi samverkar ju även nationellt inom ett nätverk som kallas Genomic Medicine Sweden, GMS.

[00:25:06] Så jag har ganska god insyn i hur det ser ut på andra sajter i Sverige också. Mycket är likt men det är klart att det finns lokala skillnader. Dels beroende på lokala rutiner och logistikfrågeställningar och vilka typer av patientmaterial man har. Men också så görs lite olika val på olika ställen. För det finns en del avvägande att göra som kan leda till olika resultat.

[00:25:34] Jag tänkte prata lite grann om hur vi jobbar med molekylär patologi hos oss på Perlinska. Och diskutera den här traditionella molekylär patologin kontra den här nya med bred genomisprofilering. Och så lite grann vilka utmaningar vi ser kring status för det här och hur det här kopplar till molekyl och tumorvård Men Max har gett en jättebra introduktion redan hur vi jobbar på Karolinska med molekyl- och tumvårds- och hur våra rapporter ser ut.

[00:26:03] Så jag tänkte försöka inte upprepa allt för mycket utan ge lite mer ett separat perspektiv. Bra, så när det gäller klinisk molekylär patologi så ser vi det som att det vilar på två ben. Dels denna traditionella molekylär patologin som baserar sig på metoder som är riktade och avgränsade och ofta tittar på enstaka gener eller ett fåtal gener åt gången.

[00:26:30] Det kan till och med vara enstaka mutationer i en enstaka gen. Och det här är ju metoder som har funnits tillgängliga för oss under en längre tid. De är relativt snabba att genomföra och förhållandevis billiga Ger ofta ett binärt utfall om mutationen föreligger eller inte, om fusionen föreligger eller inte.

[00:26:50] Har ju traditionellt varit baserade på PCR-metoder som quantitative PCR eller nu på senare år också digital droppet PCR. Sanger-sekvensering har förekommit även annan typ av sekvensering. Och sen har vi hos oss på Karolinska en Amplicon-baserad sekvensering på Oncomind-plattformen. Och det här är den plattform vi har använt sedan 2017 ungefär.

[00:27:15] Det är en kommersiell plattform med lite mindre paneler då. Och hos oss då har allting utförts i sin helhet på patologen Alltså metoderna har utförts i sin helhet på patologen på vårt molekylär labb. Så att våra BMAs eller molekylär biologer har utfört metoden och svarat ut resultaten med hjälp av HUSA Sakligen med kommersiella metoder då.

[00:27:44] Det andra benet som växer fram och blir allt starkare är den här breda genomiska profileringen. Den baseras på breda paneler med hundratals gener eller heligenomsekvensering med upp till 20 000 gener. De är lite långsammare. Vi har väl mellan två till fyra veckors tid på att göra de här. I praktiken kan det vara ännu längre än så på grund av flaskhalsar i logistiken De är förhållandevis dyra men det här ska jag lägga in en braskla för att priserna är ju snabbt sjunkande och hos oss så gör vi det här på Illumina-plattformen och det gör de flesta i Sverige.

[00:28:27] Illumina har ju varit relativt ensamma på marknaden fram tills nyligen men de har ju konkurrensutsats under senaste åren framförallt kinesiska aktörer som gör att de har tvingats sänka sina priser också vilket gör att priserna har gått ner ganska kraftigt per sekvenserad bas. De ger ett kvalitativt utfall det vill säga vi kan få ut mycket mer data från det här och vi kan också uttala oss mycket mer om de varianter vi kan påvisa.

[00:28:54] Som jag nämnde så handlar det här om breda DNA-paneler och hel genomsekvensering huvudsakligen även hel exomsekvensering fast det görs inte så stor utsträckning. Hos oss på Karolinska och jag vet på andra ställen också så är det här mer ett samarbete. Delar av metoderna utförs hos patologen och delar på andra verksamheter.

[00:29:15] På Karolinska har vi en sorts sekvenseringshårfacilitet som kallas GMCK. Det står för Genomic Medicine Center Karolinska. Det är en sjukhusgemensam sekvenseringsfacilitet. Den servar inte bara oss på patologen utan även klinisk genetik, klinisk bakteriologi, farmakologi och transfusionsmedicin. Alla som egentligen har ett behov av NGS är tänkt att gå via där.

[00:29:43] Den har ett ganska brett uppdrag men där är patologen en av de större kunderna. Det gör att logistiken ser lite annorlunda ut för oss vilket skapar sina egna utmaningar. Så först tänkte jag bara kort nämna den traditionella molekylärpatologin för även om den inte är den huvudsakliga metoden som ligger till grund för MTBs så har den fortfarande en väldigt viktig roll inom patologin och inom molekylärpatologin.

[00:30:10] Och det är dels då icke-NGS-baserade metoder som PCR-baserade metoder, sangesekvensering och så vidare. Och här har vi relativt många metoder och vi ser också ett behov av att uppdatera då kanske äldreuppdaterade metoder med nya bättre metoder. För här finns det ju känsliga metoder som till exempel Digital Dropped PCR som ersätter många av våra äldre PCR-baserade metoder.

[00:30:35] Och vi har också en målsättning hos oss att minska antalet metoder som erbjuds för här har vi kanske ett lite för stort... Utbud idag vilket gör att det svårt att upprätthålla kvaliteten på alla metoder. Så vi försöker att bara behålla de metoder där vi ser en tydlig indikation och tydlig efterfrågan och där vi kan känna att vi erbjuder den bästa möjliga metoden då.

[00:30:58] Den andra NGS-baserad metoden som också då faller under traditionell molekylärpandemi det är den här oncoma intersectioniseringen som är som sagt en ampliconbaserad metod vilket innebär att man PCR-amplifierar vissa segment av generna som man är intresserad av som sedan sekvenseras. Fördelarna med den metoden kontra Illumina som är en typ av capture-baserad sekvensering är att den klarar ett lägre input av DNA så att man behöver mindre material både på DNA och RNA-sidan.

[00:31:31] Det är snabba metoder. Vi har en äldre plattform som heter S-form men vi försöker att uppgradera oss till en nyare plattform som heter GeneXus och GeneXus har då från att man laddar DNA och RNA till att vi får ett färdigt resultat som ska kunna gå inom 24 timmar. Det är liksom en oslagbar turnaround-tid om man jämför med Illumina-sekvensering.

[00:31:55] Vi har också möjlighet att köra IVDR-godkända paneler vilket ju är ett allt större krav De metoder vi använder för diagnostisk och för behandlingsindikation. För i alla fall deras mindre paneler än paneler som heter Precision har fått IVDR-godkännande Och vi kör i dagsläget en större panel som heter Childhood Och sen tittar vi på BRCA också med Oncomyne och vi är ju på väg att fasa ut dem för de tror vi ska ersättas av de här breda genomiska profileringen.

[00:32:30] För det är den breda genomiska profileringen som är kanske mest intressant för molecular tumor boards och som Max nämnde så har vi, ja förlåt det här är den Precision Assay som ändå är en Det är inte en jätteliten panel. Den har 52 gener. I alla fall fokus har 52. Det är möjligt att Precision har något fler.

[00:32:50] Men det här är då både en DNA- och en RNA-panel så den kan titta både på varianter på DNA och också personer. Och den här täcker ju alla behandlingsrelevanta varianter för framförallt då kanske icke-småceller lungcancer och kolorektalkancer och melanom. Och där är det också tumörtyper som behöver snabba svar och där vi i dagsläget reflextestar i många fall.

[00:33:15] Det vill säga beställer utan att vi får en eftergränsning från behandlande onkolog. Utan det här är ett begränskommelse om att vi gör testning direkt. Det gör vi framförallt på lungcancer och kolorektalkancer i dagsläget. Och det här är någonting som vi ser ett behov av. Det här kommer ju finnas ett behov av under en överskådlig framtid att ta kvar den här typen av snabba lokala paneler.

[00:33:37] Där som kanske inte ger så mycket underlag för molekylertumor vårdsmän som ger. Behandlingspredictiv information i första linjens behandling. Men som sagt det som kanske är mest relevant för MTB är den här breda genomiska profileringen. Då har dels den breda panelsekvenseringen Hos oss på Karolinska har vi en panel som kallas GMCK-panelen Den har vi implementerat i ett antal tumörformer, metastatiserade prostatacancer, uviala melanom.

[00:34:05] Vi håller på att implementera den i höggrad av uviala cancer för att ersätta den BOARD-algoritm vi nu skickar till Myriad. Också för molekylär klassificering av endometriakancer. Och sen det som är aktuellt för MTB ser vi framför allt an cancer-delen. Men oavsett tumörform så är samma panel vi kör. Det är en bred 500-gens-panel ungefär.

[00:34:26] Och så för olika tumörformer kan det vara olika delar av panelen som är kliniskt relevanta. Och därför anpassar vi svaret baserat på, vi kurerar inte alla gener för alla tumörformer. Utan där är en överenskommelse tillsammans med onkologer och patologer Och även baserat på de guidelines som finns av ESMO och andra organisationer Vilka gener vi svarar ut.

[00:34:50] Men för panncancer alltså metastaserad solidcancer, så gör vi en bredare Kurering av hela panelen eftersom det kan vara underlag för att inklusion i kliniska studier. Det vi dessutom har är helgenom och heltranskriptomsekvensering. Det görs dagsläget på pediatriska tumörer som en klinisk fortsättning av GMS-barnstudien och även då på sarkom.

[00:35:17] Så alla pediatriska tumörer och alla sarkom som kommer till oss kommer att göras helgenom och heltranskriptomsekvensering. Jag ska gå in lite mer senare på för- och nackdelar med panelsekvensering kontra helgenom och heltranskriptom. Så jag tänkte lämna det nu. Utan bara kort nämna hur designarbetet av den här DNA-panelen ser ut.

[00:35:41] Jag kan... Också då nämna att inom GMS-nätverket finns en annan panel som kallas GMS 560 som säkert många har hört talas om. Den är en väldigt snarlik utseende som GMC-K. GMS 560 baserar sig till stor del på GMC-K-panelen och sedan har de tagit lite olika utvecklingsbanor. Men i grund och botten är de väldigt snarlika.

[00:36:04] Och att vara ute och utveckla en egen panel var inte bara från oss själva. Det var mycket drivet av att vi är i närheten till ett stort medicinskt universitet Karolinska institutet, där det finns väldigt duktiga cancerforskare. Och i det här fallet har vi samarbetet väldigt nära med en cancerforskare som heter Johan Lindberg som driver stora prospektiva kliniska studier Inom olika former av tumörsjukdomar och inom ramen för det arbetet har han ändå designat de här panelerna och då har vi bara haft förmånen att kunna rida på det arbete som han har gjort och hans grupp.

[00:36:41] Så det är såklart ingenting som jag kanske skulle rekommendera att varje sajt gör med sjukhusresurser utan det finns ju kommersiella alternativ för att slippa det här arbetet Den stora fördelen med att utveckla en egen panel är såklart den flexibilitet det ger och också den kontroll över innehållet som man får.

[00:36:59] Men vid designen av en bred DNA-panel så finns det flera saker att ta hänsyn till. Dels såklart de kliniska behoven. Vi vill ha en kostnadseffektiv sekvensering av kliniskt relevanta regioner i genomet. Vi vill få ett högt sekvenseringstjup för att få en hög känslighet när det finns en låg renhetsgrad.

[00:37:17] Antingen att det är lite tumör i provet eller att det är en låg kvalitet på provet. Vi vill också bibehålla prestanda när vi använder DNA av dålig kvalitet, till exempel från malinfixerat material, vilket är en majoritet av det material vi använder i patologen, eftersom det är samma material som används för den historiska diagnostiken.

[00:37:36] Så det här är krav som vi ställer på en bred DNA-panel. Men vi vill också dessutom att den ska komma forskningen till nytta. Vi vill täcka fler än bara det som är nuläget behandlingsrelevant, dels för att kunna inkludera i kliniska studier, men också för att kunna bedriva forskning av hög kvalitet på den data vi genererar.

[00:37:53] Så vi inkluderar andra regioner som kanske inte har direkt klinisk implikation i nuläget, men som har ett forskningsbetydelse och som förhoppningsvis på sikt kan bli kliniskt användbara. Och också en design som tillåter att man utför explorativ forskning i stora datasäten. Så när man tittar på de saker som ska in i en sån här panel så är det såklart alla kliniska actionable gener i det här fallet.

[00:38:23] Så tror jag att det här Johans slide men det här var för en prostatacancerpanel. Så då har han nämnt de gener som är relevanta där. Det finns också regioner som kanske inte är kliniskt actionable men de har biologiskt relevant för tumörformen. Och kan säga någonting om prognostik eller säga någonting om subtyp av tumören och så vidare.

[00:38:45] Sen finns det kopietal och uttalas om renhetsgrad och pludigrad. Vi vill kunna titta på mer komplexa enhetsmarkörer som mikrosatellitinstabilitet, tumörmutationsbörda, HRD och så vidare. Och sen också titta på mutationsmönster. Så det finns en massa olika ställningstaganden man gör samtidigt Det fanns också med tidigt i det här arbetet om det skulle vara en panklanserpanel Samma panel används oavsett tumörform eller om man skulle ha olika varianter av panelen för olika tumörformer.

[00:39:19] Vilken sekvenseringsplattform man skulle använda och kostnad kontra storlek på panelen. För det är klart att för samma sekvenseringskostnad så kan man antingen sekvensera en liten panel djupt eller en större panel mindre djupt. Och det var den nackdelen. Så det fanns två alternativ. Antingen gör man en all inclusive design där man försöker inkludera så mycket som möjligt.

[00:39:39] Eller så gör man fokus på de varianter som går att agera på. Men med tanke på att vi har sekvenseringskostnader som sjunker rätt snabbt så har vi valt att ha en all-inclusive design huvudsakligen. Vi har också en smalare panel när vi tittar på CTD-navig metastaserad prostatacancer, den panel som kallas för ProBio, som är framtagen inom ProBio-studien.

[00:40:02] Det är en mindre design av den stora panelen. Men i övrigt har vi sagt att vi ska köra på en prostatacancerpanel oavsett tumörtyp Det handlar också om logistiska frågor för att vi kan inte starta sekvensering av flera olika paneler lika ofta Då har vi stor delar om vi kör så många tumörtyper som möjligt med samma panel.

[00:40:25] Och sen tittar man i olika datakällor i litteraturen såklart, hur andra har gjort, tittar i publika databaser, Max nämnde flera av dem som vi tittar på, vilka läkemedel som är godkända på vilka indikationer, att vi ser till att täcka in allting och sen olika kvalitetskontroller då för att se att sekvensdata är relevanta.

[00:40:47] Så det är ett stort arbete med att göra den här framförallt litteratursökningen för att se att man täcker in så mycket som möjligt. Det här arbetet kokade ner till drygt tusen gener som skulle kunna potentiellt vara relevanta att inkludera. Sen... Sen får man titta på andra etablerade genpaneler, både kommersiella och akademiska initiativ.

[00:41:07] Vi behöver inte gå igenom det här, men bara hur de har valt sitt innehåll av gener. Och sen skapar Johan ett poängsystem baserat på om det var taget om på KB, om det fanns i TCGA, om det fanns i andra paneler och så vidare. Så att varje gen skulle få en poäng för att kunna dra en gräns där man inte tyckte det var relevant att inkludera fler gener.

[00:41:34] För det blir som sagt en... Det står ju storlek på panelen kontra kostnad till sekvensering och vilket värde det tillför att lägga tillräckliga gener. Så det här poängsystemet ser ut så här. Det här är för exonerna och sen fortsätter det. Det här är andra genpaneler om den finns med eller inte. Det här är om det är relevant i NKKB och andra databaser.

[00:41:57] Och det här är vilken typ av förändring om det är hotspots eller hela genen och så vidare. Om det är en tumörsuppressor eller en NKG. Och så här ser ut då hela exonerna. Så att vissa gener fick högsta poäng och de här generna som fick lägsta poäng. Här kan man se då hur de har samlat ihop sina poäng.

[00:42:17] Och var man drar sin gräns Om det här är 1069 så drogs gränsen över 500. Så den drogs här någonstans då. Där vi tyckte att det kändes relevant att dra den gränsen. Samma sak gjordes för introner och för pietalsvarianter och andra komplexa genomiska markörer för att få en bra MSI-score, en bra HRD-score och så vidare.

[00:42:42] Då är det ju framförallt inte i exoner utan det ligger utanför exonerna. Så sammanfattningsvis leder det fram till den panel som vi använder som kallas GMC-K-panelen. Det är ungefär fem eller ena sammanlagt uppdelat på det här sättet. Där vi antingen sekvenserar hela exonerna, man sekvenserar hotspots.

[00:43:02] Sen finns det farmakogenetiska varianter där tittar på vissa snippar. Hur man gör för att få kopietalsvariationer spritt över hela genomet. Och strukturella varianter där man också försöker, det här är en DNA-panel Men genom att göra intronssekvensering kan man även fånga vissa fusioner som är i en track och så.

[00:43:23] Inte lika bra som en RNA-panel men ändå relativt bra. Och också när det gäller till exempel homosegotförlust så gäller det också att lägga... För det är ju... Man lägger då prober mot, det här är en capture som man fångar upp då, det är inte en PCR-amplifiering av vissa segment utan man fångar vissa segment genom capture då med prober designade mot de här delarna av genomet som man vill sekvensera.

[00:43:53] Så den här är ungefär två och en halv megabaspar stor, panelen, nu var det här första versionen den har reviderats i två omgångar sedan dess där man gör mindre justeringar, lägger till gener som har tillkommit intresset har tillkommit och så vidare. Jag vill bara nämna då, jag ska inte gå in på helgenomssekvensering så mycket men det görs inom vissa tumörformer och värt att ha med sig här är som sagt att våran breda panel med ungefär fem gener är två och en Megabaspar stor kontra då helgenomssekvensering som är alltså tre miljarder baser ungefär så det är en faktor på drygt tusen och om man ska sekvensera.

[00:44:33] Hel genom lika djupt som vi sekvenserar vår genpanel skulle man alltså behöva sekvenserar tusen gånger mer. Sekvenseringskostnaden om man sekvenserar tumör på panel kostar ungefär 4 000. Så det skulle bli ungefär 4 miljoner för att sekvenserar lika djupt på ett hel genom. Och det säger sig självt att det skulle vara omöjligt att sekvenseras så djupt.

[00:44:52] Så att i praktiken sekvenserar man betydligt grundare vilket gör att känsligheten inte blir lika god för hel genom. Man får ju en täckning av hela genomet vilket har vissa fördelar Framförallt kan jag se stora genomiska rearrangemang. Och det är relevant för sarkom och för pediatriska tumörer. Men det är inte relevant kanske för de flesta solida tumörer som drivs av mer specifika mutationer.

[00:45:19] Och det är därför det är mer... Det är rimligare att satsa på en bred DNA-panel för de flesta solida tumörer för att få den känsligheten. Dessutom så kräver helgenomsekvensering, färsk vävnad och betydligt mer DNA i input. Det går inte att göra på form av infixerat material för det är för fragmenterat.

[00:45:41] Det kräver en helt annan logistik att kunna ta operationsmaterial där det finns tillgång till färsk frysamaterial. Så det finns ibland en vilja att man skulle vilja göra helgenom på allt men jag tror att man missar att man får en betydligt sämre känslighet och till större kostnad och att det kräver en helt annan logistik Vi kan inte göra det på samma material som vi använder för diagnostik.

[00:46:04] Så det skulle krävas separata biopsier eller operationsmaterial där vi kan färskt biobanka dem. Så det var egentligen bara en kort passus om VGS. För oss då, det här är ju Karolinska specifikt men jag ville bara visa hur frösam värdet ser ut då. Så vi får då ett prov från onkolog eller kirurg på tema cancer till patologen och vi bedömer det histologiskt och bestämmer att det här ska sekvenseras antingen för att remittenten vill det eller för att vi har kommit överens om det reflexmässigt.

[00:46:36] Så då skickar vi det till vår molekylärlabb som gör extraktionen och sen hos oss då så skickar de vidare provet till den här kårfaciliteten för sekvensering som heter GMCK som gör kvalitetskontroll, biblioteksprepp och sekvensering och sen också gör bioinformatiken Vi kallar det för teknisk variantbedömning med det att man tittar vilka varianter som finns i det sekvenserade materialet men de gör inte en medicinska bedömning utan de skickar tillbaka resultatet till patologen för klinisk bedömning och utsvar och tillbaka till onkolog.

[00:47:12] Det som också görs är den här tekniska rapporten den PDF-rapporten som Max visade, det som också görs att man skickar variantdata till den här molekyl- och tumorbordporten som är en mer dynamisk sätt att titta på data och där också finns... Fler källor. Så patologen använder den för att göra den här kliniska bedömningen och sen svarar vi ut ett molekylär svar tillbaka till onkolog eller kirurg tillsammans såklart med histologisvaret som förhoppningsvis är samstämmigt.

[00:47:41] Det som har varit... Utmaningar för oss är på flera håll, dels hos vårt molekylär labb att säkerställa att DNA-provhantering och extraktion sker snabbt och smidigt. Men också att se till att eftersom de här proverna skickas externt så behöver vi ett nytt system för att kunna följa dem och lägga in tumörtyp och vilken typ av analys som ska göras och koppla normalprov mot tumörprov om det görs parad analys och så vidare.

[00:48:11] Vi behöver utveckla ett nytt IT-system för att spåra de här proverna. På GMCK så har det varit en utmaning att skala upp bioinformatikerna tillräckligt snabbt för att hantera proverna tillräckligt snabbt. Och sen också för patologerna så är det en utbildning att hantera de här molekylära rapporterna när det handlar om så stora genpaneler.

[00:48:31] Kontra det vi är vana vid när det gäller enstaka gener. Och säkert också på onkologsidan, det har jag lagt in, men att det finns ett behov av utbilda där också hur man hanterar de här blöderna. Och det gör vi delvis tillsammans inom ramen från MTB. Det här är bara översikt för hur vi ligger till på Karolinska när det gäller implementeringen och vi har drivit studier för panncancer en studie som heter IPCM som precis har stängt egentligen då och den stängde för att underlätta den kliniska implementeringen.

[00:49:04] Och andra studier som har drivits inom GMS, ramen för GMS, bland annat inom bröst och lunga och även polyrektalkancer har vi testat den här breda panelsekvenseringen på grund av de svarstider den... Har så har det inte varit användbart utan då har vi gått tillbaka till traditionella metoder. Men sen det som sagt som jag nämnde var ju uveala melanom som också kör klinisk rutin och metastasera prostatacancel.

[00:49:32] Vi är på väg med HRD att ersätta Myriad med egenutvecklad HRD-algoritm och även då molekylär klassificerad endometrik cancer som i dagsläget drivs inom ramen för en studie. Sen på helgenomsidan så är barncancer och sarcom i klinisk rutin medans CUP då är på väg att valideras. Det här är egentligen samma sak bara mera hur många fall det handlar om per år.

[00:49:57] Det är ju inga jättenummer egentligen så att rent kapacitetsmässigt för sekvensering så är det inget problem utan det är framförallt bioinformatiken som är vår klasskans just nu. Jag ville bara säga en kort sak om MTB-portalen och så. En utmaning En utmaning med den är ju som sagt att samma variant eftersom den Matchar varianterna mot många olika databaser så kan man för en och samma variant få många olika tajer så det här kan ju vara lite förvirrande och det kräver att man går in och tittar på varje referenser för att se Varför den har klassat en viss variant enligt en viss tajer och sedan dra sin egen slutsats.

[00:50:36] Så det här är inte riktigt någonting vi kan svara ut i slutsvaret för vi behöver ju vara mer definitiva. Utan det här är ett bra verktyg när man kan diskutera som man gör inom ramen för MTBs. Men det är inte riktigt ett verktyg som vi kan använda i dagsläget för att svara ut en slutrapport tillbaka till remittenten.

[00:50:56] Utan det är lite för mycket data så vi måste rensa här lite grann. Och det är också så att många av de här databaserna som Max var inne på och KB till exempel som vi använder oss mycket av den är ju byggd på FDA-godkännanden. Så om man tittar på prostatacancer här till exempel och kollar på Olaparib så ger den en tajer 1 för en rad gener.

[00:51:18] Medan EMA har bara gett indikation för bracka 1 och bracka 2. Och det här bygger ju på att man gjorde den här Studien var designad så att den inkluderade alla de här generna Det var bara BRCA1 och BRCA2 som egentligen hade ett behandlingssvar. Men hela gruppen fick ändå signifikans. Även de andra generna eftersom de inkluderades på de generna, så på gruppnivå så var det signifikans Men om man bröt ner det så var det bara BRCA1 och BRCA2 som egentligen svarade.

[00:51:44] Så att EMA har ju en mer restriktiv hållning här än FDA. Och om man går direkt på NKKB eller andra amerikanska källor så kan det ju bli fel med tanke på de godkännande som vi har inom Europa. För vi använder ju såklart, försöker använda SKAT-klassificeringen som kommer från ESMO. Problemet här är att det inte finns någon databas i dagsläget med ESMO-tires eller SKAT-tires.

[00:52:08] Och det är någonting som Max tillsammans med Felix från patologen och andra onkologer försöker komplettera. Alltså jobba tillsammans med NKKB för att få in SKAT-tires i NKKB också. Så att det blir en Europa-anpassad version också som komplement. Varför Slut På sliden här så tänkte jag bara säga vårt svarsrapport på sikt hoppas vi kommer se ut ungefär så här.

[00:52:33] Det här är baserat på SMO-guidelines från David Tamborera som också byggt den här MTB-portalen som är Computation of Biology på KI också och har en deltidsanställning på katalogen hos oss. Det här är som man har gjort som ett konsensusdokument för att det är så här man vill att rapporterna ska se ut.

[00:52:48] Den första sidan innehåller patientinformation och en sammanfattning av de mest viktigaste fynden och också kvalitetsindikatorer på hur världssekvenseringen fungerade. Sen följer de resultaten i detalj när det gäller mutationer kopitalsvariationer, fusioner, mutationssignaturer och sen sista sidan då är Där man har matchat dem mot SCAT-tajers och ger klinisk indikation och också mot pågående kliniska prövningar.

[00:53:17] Så det här är vår målsättning på sikt att rapporterna ska se ut så här ungefär. Och då är ju de tekniska rapporterna, det motsvarar det här. Det det vi svarar ut i dagsläget bara, de tekniska fynden. Och det är det vi får ut från vår bioinformatiska mjukvara. Och sen den här matchningen mot kliniska biomarkörer och mot pågående kliniska prövningar det är där vi använder den här MTB-portalen.

[00:53:39] Och slutligen patologens roll blir att sammanfatta de här fynden och kontrollera till rätt patient och kontrollera att det är tillräckligt gott för att göra det här svaret. Så det är här någonstans vi hoppas kunna landa på riktigt sikt. Det var allting jag hade tänkt att dela och lyssna gärna på frågor.

[00:53:59] Renske Altena: Stort tack, Hannes. Det var verkligen en crash course i molekylär patologi. Vi har några minuter kvar och det kom några väldigt relevanta frågor. Nu har vi pratat om hur det görs på Karolinska och det är väldigt utvecklade och utarbetade rutiner. Det finns mycket expertis.

[00:54:25] Man lyfter i chatten. Jag läser bara frågan, tack för bra uppdragning. Några frågor. Som bakgrund minst en tredjedel av Sveriges befolkning behandlas onkologiskt till länssjukvård. Och behöver också få tillgång till detta. Och då är det några frågor. Ett, hur ni på Karolinska tänker MTBs roll för ökat jämlikvård i Sverige?

[00:54:52] Och exempelvis vilka behandlingar som rekommenderas? Till exempel om det är en off-label behandling som skulle kunna vara aktuell.

[00:55:05] Vad säger ni om det? Hur kan vi förbättra jämlikheten Ja. –Fler eller alla patienter i Sverige –

[00:55:15] Hannes Olauson: Det är en jätteviktig fråga och perspektiv. Ett av GMS främsta syften är just för en jämlik vård att alla ska få tillgång till de senaste metoderna. GMS finns på flera noder inom Sverige redan och är tänkt att fungera som nav för länssjukhusen Kring det respektive NO då, att man ska skicka prover.

[00:55:40] Men sen ser vi också egentligen att det på sikt kanske kommer bli ännu mer högspecialiserat att det är färre att det inte riktigt, det här är ju problem med det regionala men liksom att sjukvården uppdelar regioner, att man vill sätta upp det här inom varje region, men egentligen är det här som andra högspecialiserade områden kanske vettigare att ha på färre centrum, att vi samlar expertis på färre centrum och att vi istället för att varje region ska själv bygga upp hela den här infrastrukturen.

[00:56:06] Så jag tror på sikt att det kommer utvecklas mot att man kanske gör sekvensering lokalt i många regioner men att bioinformatiken samlas i nationella grupper där man hjälps åt och samlar expertis. Vi har ju satt upp vissa analyser som vi erbjuder nationellt, till exempel metastaserad prostatacancer, den studien eller den...

[00:56:24] Analysen erbjuder vi nationellt. Där finns det ju ingen molekyl eller tumorbåd kopplat till det men det är ändå en så pass högspecialiserad analys att det inte är känns vettigt att den ska finnas på alltför många ställen men absolut så är det här det är ju en stor fråga för GMS och liksom jag tror att de större sjukhusen kommer ju få ta ansvar för att hjälpa till och jag kan tänka mig också att MTB-erna kommer bli nationella i större utsträckning i alla fall att det blir kanske ett antal MTBs nationellt där man tar in fall från den regionen Jag vet inte hur du ser på det Mats

[00:56:57] Maximilian Kordes: Ja nej jag håller med dig sen tänker jag att det är viktigt att man försöker Det blir så överväldigande att försöka lösa alla problem samtidigt och att man försöker bryta ner det i lite olika delar.

[00:57:08] Det som jag ser är att är tillgång till sekvensering över huvud taget och det ligger lite på den sidan som du pratade om, GMS försöker lösa en hel del av det och sen är handelsutstrukturerande införande. Och det är visserligt fint på tidslinjen också att även på Karolinska har det varit olika faser och stek och till exempel korrektalkanser har man backat lite grann från att ha det på plats och försöka ta nu tak när det rör sig ut lite mer systematiskt för alla diagnoser kanske.

[00:57:36] Och sen har du behandlingssidan, det var den andra frågan som Renskall plockade upp. Hur får man tillgång till matchade behandlingar? Och MTB, det står egentligen precis i mitten mellan de här två delarna. Jag försöker länka det här tillsammans. Jag tänker att, som jag försökte visa mot slutet av presentationen, att Fokus kommer att vara ett forum där man kan nationellt diskutera genom studien.

[00:58:00] Jag tror det kommer också att göra folk lite mer förtroende med det. Jag har inte sett att det finns en annan nationell initiativ nu att man ska etablera ett MTB. Samtidigt för vår del har vi verkligen försökt ha en policy att det ska vara öppet Så vi har haft kollegor från andra sjukhus i Stockholm som har dragit fall i vår MTB.

[00:58:21] Vi har haft kollegor från andra sjukhus i Sverige som presenterat fall och diskuterat När de hade skickats, det kom upp förfrågan. Så det kommer inte att lösa problem för hela landet men i riktiga fall kan det vara en möjlighet framåt. Och så tycker vi att det är en fantastisk möjlighet att försöka matcha patienter till studier som har vissa kriterier.

[00:58:41] Och det ska försöka lösa en del av problemet med tillgång till behandling. Kanske som väldigt kort avslut på det svaret att många av de här sakerna som man är ute efter i studier är ovanliga. Så vi vill gärna att man får tillgång till hela Sveriges befolkning. Även om man är enda sites eller en av två sites i Sverige.

[00:58:59] Att man kan hitta patienter från andra delar av landet och genom det matcha till studier. Så det är en win-win-situation på det sättet.

[00:59:09] Renske Altena: Ja. Ja, det låter väldigt lovande och det verkar också som att det finns redan mycket. Men samtidigt är det mycket kommunikation och transparens som krävs då så att alla blir medvetna om möjligheterna.

[00:59:28] Ja, jag tycker ändå att det är relevant. Jag skulle gärna fortsätta ta de två sista frågorna också innan vi avslutar. Det är en fråga vi kan ha handelsgranskans Sverige på. Hur ser ni på att få till en standardiserad svärsmall i Sverige?

[00:59:45] Hannes Olauson: Det är också någonting som pågår inom GMS-samarbetet att man tittar på hur man svarar utfallande.

[00:59:52] Jag tror det finns rätt många steg emellan Så att provet kommer in, att man beställer sekvensering till att det svaras ut och där är ju panelen såklart alltså kemin är ju en del av det men sen är ju bioinformatiken också en väldigt stor del av det för att beroende på vilken bioinformatisk pipeline man använder och så kommer man hitta olika varianter man kommer bedöma olika varianter olika så jag tror att det finns rätt många delar man kan standardisera, alltså svarsmallan är såklart viktig men jag tror att ännu viktigare är att standardisera hur man gör bioinformatiken och hur man gör de här bedömningarna i olika varianter och där tror jag att det är egentligen ännu viktigare att man samarbetar nationellt för att få samma mjukvara och samma typ av bedömningar sen är det klart att svarsmallarna också är viktiga men för min del eller för det vi ser så tror jag att bioinformatiken är egentligen större skillnad när det gäller att standardisera den men det pågår arbete GMS är ju det naturliga samarbetsverktyget för att hitta konsensus där

[01:00:55] Renske Altena: Mm, och sista frågan då, är användning av artificiell intelligens på gång inom området?

[01:01:05] Hannes Olauson: Ja, nu nämnde vi bara, alltså... Kanske bortanför MTB här men på prestationsmedicinsk sidan alltså inom patologi så har vi ju redan några exempel på det. Det finns ju hos oss på patologen så finns det en Johan Hartman som är professor hos oss. Han har ju varit med och startat ett företag som tittar med AI på bröstcancerprover som är svårdefinierade.

[01:01:29] Alltså som faller i NOG 2-graden då man inte vet om man ska ge adjuvantbehandling eller inte. Eller om man tidigare använt sig av molekylär patologi med sådana gen-expressionspaneler. PAM-5 eller ja. Och det har ju då visat att de kan ersätta eller få samma typ av prediktiv förmåga så att klassa om de här svårklassificerade mellanklassarna som antingen en låggrad eller en höggradig tumör Och styra adjuvantbehandling genom att...

[01:01:58] AI bildanalys då av histologin vilket ju är mycket billigare och mycket snabbare än att göra den här molekyläranalysen då av genexpressionsanalysen så att det kommer att säkert jag menar i stor utsträckning också man försöker också med hjälp av histologi försöka hitta mutationsmönster och liksom alltså komma bort litegrann ifrån själva molekylärpatologin utan kunna göra bara då bildanalys och kunna svara ut och sen också såklart av molekylär fynden kommer säkert komma mer också att de kan analyseras med AI för att få en bedömning då.

[01:02:29] Så det är absolut på gång. Det väl några saker som ligger lite nära verkligheten och några saker som fortfarande är säkert ett par år bort men det är ju absolut på gång väldigt mycket.

[01:02:39] Renske Altena: Ja mycket mer som man kan prata om. Det är väldigt spännande. Jag är väldigt glad att vi fick lyssna på er, att ni delade med er er expertis Det har i alla fall för mig varit väldigt givande och lärorikt.

[01:02:55] Så stort tack till er både Hannes och Max, och till er som tittade förstås Jag hoppas att ni också är nöjda. Och till Mediahuset också för att ge hjälp med att sätta upp det här webbinariet. Vi ses säkert snart igen. Hej då!